Важное место в защите растений подсолнечника от болезней и вредителей занимают агротехнические мероприятия: соблюдение севооборота, посев в оптимальные сроки, соблюдение норм внесения удобрений. Эти меры снижают изначальную инфекционную нагрузку и численность вредителей, позволяя сократить объёмы последующих химических обработок. Так, чрезмерное внесение азотных удобрений способствует развитию болезней и накоплению почвообитающих вредителей, а грамотная обработка почвы уменьшает популяцию вредных объектов и стимулирует размножение полезных микроорганизмов.
Для дополнительной защиты перед посевом проводят инкрустацию семян подсолнечника от болезней и вредителей. Применяют следующие препараты: от ложной мучнистой росы – фунгициды на основе мефеноксама –3 л/т (учитывая устойчивость местных популяций ЛМР) или оксатиапипролина – 1,6 л/т, который активен в отношении новых рас ЛМР; против фомопсиса, белой и серой гнилей, сухой ризопусной гнили, фузариозной сухой гнили, альтернариоза – препараты на основе флудиоксонила – 5 л/т, имазалила + тебуконазола – 0,4 л/т. Для защиты всходов подсолнечника от проволочников рекомендованы препараты на основе тиаметоксама – 8–10 л/т и имидаклоприда – 2–6 л/т.
При развитии болезней на посевах подсолнечника рекомендовано применение препаратов из списка разрешённых химических средств. Против фомопсиса, белой и серой гнилей, сухой ризопусной гнили, фузариозной сухой гнили, альтернариоза – опрыскивание в период вегетации при появлении первых признаков заболевания препаратами на основе азоксистробина + ципроконазола – 0,8–1 л/га; пикоксистробина + ципроконазола – 0,5–0,6 л/гa.
При наступлении экономического порога вредоносности насекомых-вредителей применять химические меры защиты посевов. Против песчаного медляка (1–2 жука на 1 м2), степного сверчка (3 жука на 1 м2), лугового мотылька (5 гусениц на 1 растение), клопов (3 экз. на 1 корзинку), хлопковой и подгрызающих совок использовать препараты на основе малатиона – 0,6–0,8 л/га; диметоата + бетациперметрина – 0,25–0,4 л/га; лямбда-цигалотрина + хлорантранилипрола – 0,2–0,3 л/га.