Наиболее распространёнными и вредоносными болезнями льна являются фузариоз, ржавчина, полиспороз, антракноз, пасмо, фомоз, мучнистая роса, серая плесень, белая гниль, крапчатость и бактериоз. Распространение болезней и интенсивность поражения ими льна зависят от наличия возбудителя болезни и условий внешней среды.